评估工作的程序包括以下五个阶段：
（1）申请与审核。评估委员会在规定时间内对提出的申请进行审核，对申请报告审阅的意见做出审核结论。结论有三种：（a）受理申请。通知申请学校组织自评并递交自评报告；（b）不予受理。由于申请学校尚不具备申请评估的基本条件，或由于对其提出问题的答复不符合要求，评估委员会不予受理申请，并通知学校不予受理的理由。
（2）自评与审查。申请受理的学校按照评估文件组织撰写自评报告并提交。评估委员对高等学校所递交的自评报告进行审查，并将审阅意见上交评估委员会办公室，评估委员会综合各位委员的审阅意见，形成以下三种结论：（a）通过自评报告。即同意组织考查小组进行实地考查；（b）基本通过自评报告。对自评报告中少量不明确或欠缺的部分要求学校在半个月内进一步提供说明、证据或材料，根据补充的情况及综合各位委员新的反馈意见，再决定是否通过自评报告；（c）不通过自评报告。评估委员会需向学校说明理由，学校在两年后方可再次提出申
（3）考查与鉴定。评估委员会派出考查小组实地考查申请学校的办学情况，并验证自评报告的真实性。考查小组需写出考查报告，提出评估结论建议，交评估委员会审议。评估委员会根据自评报告及其审阅意见、考查报告及评估结论建议，组织评估委员充分讨论，采取无记名投票方式对申请学校做出评估结论。
（4）保持与督察。评估通过的学校应注意保持已取得的成绩，继续提高教学水平。在合格证书有效期满的前一年须重新申请评估。通过评估的院校要建立教学质量督察员制度，聘请校外具有高级职称的业界人员和外校教授各一名作为教学质量督察员，教学质量督察员名单报评估委员会秘书处备案。督察员在评估合格有效期中期到学校督察并完成督察报告，签字后一份留学校作为下一次评估的有关资料留存备查，另一份于当年年底以前寄评估委员会秘书处备案。
（5）申诉与复议。申请学校如对评估委员会的评估结论持有不同意见时，可以提出申诉；评估委员会主任在接到申诉请求后，应立即将情况报住房城乡建设部土建类专业评估认证仲裁委员会，并将申诉材料移交至该委员会；住房城乡建设部土建类专业评估认证仲裁委员会根据有关的规定，做出复议决定，必要时，可举行听证会，听取学校和评估委员会陈述各自的意见和理由。
